Bank Indonesia đã được thành lập ngày 1 tháng 7 năm 1953, trong thời kỳ Sukarno, từ việc quốc hữu hóa De Javasche Bank, một ngân hàng Hà Lan được thành lập thời thuộc địa. Trong 15 năm tiếp theo, Ngân hàng Indonesia đã thực hiện các hoạt động thương mại cũng như đóng vai trò là ngân hàng trung ương của quốc gia này.Theo Đạo luật 13 năm 1968 và sau này là Đạo luật 23 năm 1999 thay thế, ngân hàng này cuối cùng đã thoát khỏi sự can thiệp của chính phủ mà chỉ báo cáo cho Hạ nghị viện thay vì báo cáo cho tổng thống. Thống đốc ngân hàng hiện không còn là một thành viên của nội các.